EM菌为一种混合菌一般包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌类。可用于食品添加，养殖病害防治，土壤改良、生根壮苗、污水治理等等。
EM菌（EffectiveMicroorganisms）是由大约80种微生物组成，EM菌由日本琉球大学的比嘉照夫教授年研究成功，于80年代投入市场。EM菌是以芽孢杆菌、光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的10个属80余个微生物复合而成的一种微生物菌制剂。作用机理是形成EM菌和病原微生物争夺营养的竞争，由于em菌在土壤中极易生存繁殖，所以能较快而稳定地占据土壤中的生态地位，形成有益的微生物菌的优势群落，从而控制病原微生物的繁殖和对作物的侵袭。是生态农业的发展方向，更有利于农业的可持续发展。80年代末90年代初,EM菌已被日本、泰国、巴西、美国、印度尼西亚、斯里兰卡等国广泛应用于农业、养殖、种植、环保等领域，取得了明显的经济效益和生态效益。
EM菌种由双岐菌（两种）、乳酸菌（三种）、芽孢杆菌（五种）、光合细菌、酵母菌（三种）、放线菌、醋酸菌等单一菌种经特殊工艺发酵-提纯-扩培-喷雾干燥（厌氧菌需要包埋技术处理）-高效复合-有益微生物菌种。主要功能：制作EM菌种发酵液、发酵生物饲料、发酵生物肥料、污水处理、垃圾处理、除臭等产品。
菌种简介EM菌种由双岐菌、乳酸菌、芽孢杆菌（地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌等）、光合细菌、酵母菌、放线菌、醋酸菌等单一菌种经特殊工艺单独扩培、发酵、喷雾干燥而成的高效复合微生物菌种。每克含有益总菌数≥亿CFU。
EM菌种活菌制剂根据用途不同（生物饲料、生物肥料、污水处理、垃圾处理、土壤改良、废气处理）、适用环境（温度、湿度、ph值、耗氧、厌氧、培养基等条件）不同，按照不同种类（耗氧、厌氧）的益生菌复配而成。
详细介绍1、复合芽孢杆菌群（好气性）
芽孢杆菌属（Bacillus），细菌的一属，能形成芽孢（内生孢子）。它们对外界有害因子抵抗力强，分布广，存在于土壤、水、空气以及动物肠道等处。
芽孢杆菌属细菌较大(4~10μm)，革兰氏阳性、是严格需氧或兼性厌氧的有荚膜的杆菌。该属细菌的重要特性是能够产生对不利条件具有特殊抵抗力的芽孢。芽孢杆菌属可分为以下亚群：多黏芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌（包括蜡样芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌）、短芽孢杆菌和炭疽芽孢杆菌。
芽孢杆菌具有耐高温、快速复活和较强分泌酶等特点，在有氧和无氧条件下都能存活。在营养缺乏、干旱等条件下形成芽孢，在条件适宜时又可以重新萌发成营养体。芽孢杆菌属于芽孢杆菌科、芽孢杆菌属，是一类能产生抗力内生孢子的革兰氏阳性菌，细胞呈杆状且外层覆盖大量的吡啶二羧酸钙。其皮层位于核心和芽孢壳之间，含丰富的肽聚糖；核心是一种高度浓缩的、惰性的染色体；最外层的外壁为一层肽聚糖壁，且一层或多层的成分为蛋白质的芽孢衣。由于芽孢具有厚而含水量低的多层结构，所以折光性强，对染料不易着色，稳定性好，耐氧化、耐挤压、耐高温，能长期耐受60℃高温，在温度℃下能存活20min，且耐酸碱，在胃酸环境中能保持活性，这可能与芽孢独具的高含量吡啶二羧酸有关。同时还具有广谱杆菌活性，能产生细菌素，抑制病原菌。目前应用较多的有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌等类型。
农业生产
芽孢杆菌产生的抗菌物质能防治多种植物病害，
已有一些芽孢杆菌生防菌株得到商品化或得到有限商品化生产应用许可。苏云金芽孢杆菌形成过程中可以产生一种伴孢晶体，它已成为世界上产量最大的微生物杀虫剂。侧孢短芽孢杆菌的一些菌株也能产生晶体蛋白及酶类物质，对于无脊椎生物具有毒性作用。芽孢杆菌具有解磷、解钾、固氮等生物活性，有利于提高作物产量，而且芽孢杆菌抗逆性好，巨大芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌、固氮芽孢杆菌、球形芽孢杆菌、侧孢短芽孢杆菌等被广泛用于生产生物肥料。芽孢杆菌产生的抗菌物质对畜禽具有促生长、保健和治疗疾病的作用，属无毒副作用、无残留、无致细菌耐药性的一类环保型制剂。芽孢杆菌产生的抗菌肽的杀菌机制非常独特，病原菌不易对抗菌肽产生耐药性，因而抗菌肽作为一种新型饲料添加剂，是目前饲料业的一个新的研发方向。
食品加工和保鲜
芽孢杆菌产生的抗菌物质具有广谱杀菌活性，对与食品有关的多种革兰氏阴性菌和阳性菌均有较强的杀菌作用，并且一般具有良好的热稳定性，可用于防止热加工食品过程中其他细菌的污染，也可用于防止巴氏杀菌后的再污染，还可用于食品发酵过程中的杂菌污染。另外，部分种类芽孢杆菌产生的L-赖氨酸可用于食品添加剂。芽孢杆菌还可用于发酵食品，我国利用凝结芽孢杆菌低盐腌渍雪里蕻。
工业生产
利用芽孢杆菌发酵获得工业生产上需要的高活性、高纯度的淀粉酶、蛋白酶的方法在20世纪30年代就开始应用。
医学
芽孢杆菌产生的抗菌物质一般具有广泛的抑菌谱，能杀伤包括耐药菌株在内的细菌、某些真菌、寄生虫、部分病毒以及肿瘤细胞等，并且有结合脂多糖、中和内毒素等作用，因此引起了科学家和医务工作者的广泛
